شیر حاوی دو نوع پروتئین است. پروتئین کازئین 80 درصد و آب پنیر 20 درصد است. آب پنیر یک پروتئین کامل است که حاوی ۹ اسید آمینه ضروری است. آب پنیر بخش آبکی شیر است که از چربی شیر جدا می شود. وقتی پنیر درست می شود، در گذشته خواص آنها را نمی دانستند و اغلب آب پنیر را دور می انداختند.